Minęło 10 lat od konfrontacji Kiry i L. Ponownie Shinigami wysyła na ziemię notatki śmierci, przez co świat wkrótce pogrąża się w chaosie. Tsukuru jest członkiem zespołu specjalnej grupy zadaniowej Death Note wraz z 6 innymi śledczymi, w tym Matsudą, który przeżył sprawę Kiry sprzed 10 lat. Masowe morderstwa spowodowane przez death note mają miejsce na Wall Street w USA, Shibuya w Japonii i innych miejscach. Światowej sławy prywatny detektyw Ryuzaki, który jest prawowitym następcą L, również prowadzi śledztwo w sprawie masowych morderstw. Odkrywają, że na świecie istnieje 6 death notes. Wirus komputerowy o nazwie Kira rozprzestrzenia się po świecie. Wiadomość w wirusie Kira mówi, aby oddać 6 notatek śmierci. Osoba, która ma 6 death notesów, przytłacza świat. Rozpoczyna się konfrontacja między osobą, która chce odrodzenia Kiry, a ludźmi, którzy chcą ją powstrzymać.