Fabuła gry jest ściśle powiązana z tytułowym "Zniszczonym Światem", który rozpadł się na wiele kawałków rozrzuconych po całej galaktyce. Każdy z jego fragmentów jest rządzony przez innego władcę, a zadaniem gracza jest wcielenie się w jednego z nich, pokonanie rywali i zjednoczenie wszystkich ziem. Rozgrywka w Masters of the Broken World składa się z trzech warstw. Pierwsza z nich to widok globalny, pokazujący wszechświat oraz kawałki zniszczonej planety. Wybieramy tutaj fragmenty świata, które mamy zamiar podbić i dołączyć do naszych terenów. Przed przystąpieniem do inwazji warto najpierw zapoznać się z charakterystyką danego kawałka planety, ponieważ każdy z nich oferuje graczowi inne bonusy w postaci między innymi surowców czy nowych technologii.