Rok 1999. Godzilla pojawia się na horyzoncie, wynurzając się z morskich głębin. Atak militarny na potwora nie przynosi żądanego skutku. Rząd zleca najtęższym umysłom zbudowanie broni będącej antidotum na monstrum. Pod kuratelą doktora Yuhary powstaje (stworzony z fragmentów DNA Godzilli) mechaniczny stwór Mechagodzilla nazwany Kiryu, ściśle współpracujący z wojskami powietrznymi. Krucjata przeciw nieznośnemu potworowi nabiera rozpędu.