Tim (James Marsden) i jego mały brat "Boss Baby" Theodore (Alec Baldwin) - stali się dorośli i oddalili się od siebie. Tim jest teraz żonatym tatą. Ted jest prezesem funduszu hedgingowego. Ale dziecko nowego szefa z nowatorskim podejściem i postawą "da radę" wkrótce ich zjednoczy? i zainspiruje nową rodzinną firmę.
Tim i jego żona Maia (Eva Longoria) mieszkają na przedmieściach ze swoją superinteligentną 7-letnią córką Tiggley (Ariana Greenblatt) i super słodkim noworodkiem Treasure (Amy Sedaris). Tiggley, która jest najlepsza w swojej klasie w prestiżowym Acorn Center for Advanced Childhood, ubóstwia swojego wuja Teda i chce stać się taka jak on, ale Tim martwi się, że pracuje zbyt ciężko i brakuje jej normalnego dzieciństwa.
Kiedy Baby Treasure ujawni, że jest - ta-da! - ściśle tajną agentką BabyCorp z misją odkrycia mrocznych sekretów szkoły Tiggley i jej tajemniczego założyciela, doktora Armstronga (Jeff Goldblum), w nieoczekiwany sposób zjednoczy braci Templeton, prowadząc ich do ponownej oceny znaczenia rodziny i odkrycia tego, co naprawdę ma znaczenie.